Το Αρχείο αποτελείται από σχεδόν 17.000 φακέλους. Περιέχει τεκμήρια προερχόμενα από τις κρατικές υπηρεσίες, δηλαδή τα Ανάκτορα και τα -7 τότε- Υπουργεία. Έχει λοιπόν την εξής δομή:
ΑΡΧΕΙΟ ΟΘΩΝΙΚΗΣ ΠΕΡΙΟΔΟΥ (1833-1862)
- Αρχείο Ανακτόρων
- Αρχείο Υπουργείου Στρατιωτικών
- Αρχείο Υπ. Οικονομικών
- Αρχείο Υπ. Εσωτερικών
- Αρχείο Υπ. Εξωτερικών
- Αρχείο Υπ. Εκκλησιαστικών και Δημοσίου Εκπαιδεύσεως
- Αρχείο Υπ. Δικαιοσύνης
- Αρχείο Υπ. Ναυτικών
Για το GraecoGermanica, που στοχεύει στις προσωπικές ιστορίες και τις ατομικές περιπτώσεις των Γερμανών στην οθωνική Ελλάδα, ιδιαίτερη σημασία είχαν μέχρι στιγμής δύο προσφάτως ταξινομημένα τμήματα:
1) Απο το Αρχείο των Ανακτόρων, το τμήμα που αργότερα ονομάστηκε Προσωπικές Υποθέσεις (Personalia). Εδώ υπάρχουν ατομικοί φάκελοι ή μεμονωμένες επιστολές προς τον Όθωνα χιλιάδων Ελλήνων και ξένων, οι οποίοι προβάλλουν αιτήματα και διεκδικήσεις, εκφράζουν παράπονα και διαμαρτυρίες. Ανάμεσά τους βρίσκονται και 1.600 περίπου Γερμανοί και Γερμανίδες, καθένας με τις περιπέτειες και τις αγωνίες του. Τα ονόματά τους βρίσκονται στη σελίδα ΟΝΟΜΑΤΑ Α-Ζ.
2) Από το Αρχείο του Υπ. Στρατιωτικών, το τμήμα του Στρατιωτικού Λογιστηρίου. Εδώ καταγράφονται και αιτιολογούνται λεπτομερώς οι δαπάνες για κάθε στρατιωτικό έργο, κάθε στρατιωτικό σώμα, κάθε στρατιώτη. Έτσι παρουσιάζονται συγκεντρωτικά και συνοπτικά βασικές πληροφορίες για τη δραστηριότητα και την τύχη χιλιάδων Γερμανών -αλλά και Ελβετών, Αυστριακών και άλλων εθνοτήτων- που υπηρέτησαν τότε στον ελληνικό στρατό. Από τα ονόματά τους έχει ήδη καταγραφεί ένα μεγάλο μέρος και προστίθενται νέα, καθώς η καταγραφή συνεχίζεται. Και αυτά τα ονόματα βρίσκονται στη σελίδα ΟΝΟΜΑΤΑ Α-Ζ.
Η ταξινόμηση του Οθωνικού Αρχείου έγινε τμηματικά, σε διάφορες περιόδους, από το 1960 μέχρι πρόσφατα. Σώζεται σε πολύ καλή κατάσταση, είναι προσβάσιμο και ψηφιοποιημένο κατά μεγάλο μέρος, αλλά όχι στο σύνολό του.
Τα έγγραφα είναι οργανωμένα σε φακέλους σύμφωνα με το θέμα τους, υπάρχει όμως και πλήθος λυτών εγγράφων (ο εφιάλτης του ταξινόμου).
Δεν είναι παράδοξο ότι τα πρώτα δημόσια έγγραφα του ελληνικού κράτους είναι γραμμένα στη γερμανική γλώσσα. Οι Βαυαροί αξιωματούχοι που συνόδευαν τον Όθωνα μπορεί να είχαν διδαχθεί τα Αρχαία Ελληνικά στο σχολείο, αλλά τη νεοελληνική γλώσσα δεν τη γνώριζαν, όπως άλλωστε και οι Έλληνες δεν γνώριζαν τη γλώσσα των κυβερνώντων. Στις Γραμματείες των κρατικών υπηρεσιών γινόταν συνεπώς πολλή μεταφραστική εργασία -τουλάχιστον μέχρι το 1843, οπότε οι Γερμανοί εκδιώχθηκαν από τις δημόσιες θέσεις.
Όπως συνήθως στα γερμανικά χειρόγραφα του 19. αι., στα έγγραφα χρησιμοποιείται η καλλιγραφική γραφή Kurrent. Δύσκολο να διαβαστεί -αλλά τόσο όμορφη να τη βλέπεις.
Πολλές αρχειακές πηγές από την οθωνική περίοδο της Ελλάδας σώζονται επίσης στη Βαυαρική Κρατική Βιβλιοθήκη και στο Βαυαρικό Κεντρικό Κρατικό Αρχείο, στο Μόναχο. Πρόκειται κατά κάποιον τρόπο για αδελφά αρχεία του αντίστοιχου ελληνικού. Mακάρι κάποτε ν’ αναπτυχθεί ένας διάλογος μεταξύ τους.
Είναι ευτύχημα ότι το Οθωνικό Αρχείο σώθηκε και είναι στη διάθεσή μας, καθώς -200 σχεδόν χρόνια από τη σύστασή του- έχει ακόμη πολλές ιστορίες να πει.